1578 wurde die erste Annenkirche in Dresden erbaut und nach ihrer Stifterin, der sächsischen Kurfürstin Anna („Mutter Anna“) (1532–1585), benannt. Der Bau wurde notwendig, da man in der Bartholomäuskapelle keinen Platz mehr hatte. Auch die Friedhöfe waren zu dieser Zeit überfüllt. 1593 wurde das dazugehörige Pfarrhaus errichtet. Durch weiteres Anwachsen der Gemeinde wurde 1618 eine Erweiterung der Kirche notwendig. Damit wurde der Ratsverwandte Michael Schaffhirt, Sohn des Hieronymus Schaffhirt beauftragt. Der dabei errichtete Glockenturm erhielt am 7. Juni 1619 seinen Knopf und am 14. August 1619 ein aus vier Glocken bestehendes Geläut. Am 18. August konnte damit zum ersten Mal zur Gebetsstunde geläutet werden. 1760 wurde die Kirche im Siebenjährigen Krieg mit vielen Häusern der Wilsdruffer Vorstadt von preußischen Truppen zerstört. In den 1765er Jahren schuf der Ratszimmermeister Johann George Schmidt den Entwurf für das heutige Aussehen. Die Weihe der „zweiten“ Annenkirche erfolgte am 8. Oktober 1769. Der Turm ist auf einen Entwurf Gottlob Friedrich Thormeyers (1823) zurückzuführen, womit letztlich die Kirche auch architektonisch als Gotteshaus erkennbar wurde. Der Grundriss der Annenkirche beruht auf der Form eines Rechteckes mit einbezogenen zwölf Pfeilern. Der Altar stammt aus der alten Kreuzkirche und wurde zu einem Kanzelaltar umkonstruiert. Das Gestühl ähnelt in der Anordnung dem der Frauenkirche. Damit wird auch die Schule George Bährs deutlich. In den Bombardements im Februar 1945 brannte der Dachstuhl der Kirche; dennoch überlebten in ihr etwa 1000 Menschen, die dort Zuflucht gesucht hatten. Die Turmhaube der Annenkirche wurde erst im letzten Jahr der 5-jährigen Generalsanierung 1997 wieder aufgesetzt.