Die Johanniskirche ist eine katholische Kirche in Lahnstein (Rheinland-Pfalz) und gehört zum Bistum Limburg. Die spätromanische Basilika, deren heutiger Bau im 12. Jahrhundert errichtet wurde, befindet sich mit dem angeschlossenen Johanniskloster der Kongregation vom Heiligsten Herzen Jesu und Maria unweit der Lahnmündung in den Rhein und dem privaten Johannes-Gymnasium Lahnstein im Stadtteil Niederlahnstein.
Seit 2002 ist die Johanniskirche Teil des UNESCO-Welterbes Oberes Mittelrheintal, des Weiteren ist sie ein geschütztes Kulturgut nach der Haager Konvention.